در گذشته در حوزه‌ قم با فلسفه و وجود مرحوم آقای طباطبایی مخالفت می‌شد. می‌دانید درس اسفار ایشان به دستور تعطیل گردید و ایشان مجبور شد شفا تدریس کند. در دوره‌ اخیر، قم مرکز حوزه‌ فلسفی ما بوده است. آقای طباطبایی هم انسان کاملاً متشرّع، مواظب، دائم‌الذّکر، متعبّد، اهل تفسیر و اهل حدیث بوده؛ از آن قلندرمآب‌های آن‌طوری نبوده است – البته جلسات خصوصی را کاری نداریم – مراتب علمی و فقه و اصولش هم طوری نبوده که کسی بتواند آن‌ها را انکار کند. در عین‌ حال کسی مثل آقای طباطبایی که جرأت کرد و فلسفه را ادامه داد و عقب نزد، این‌طور مورد تهاجم قرار گرفت.
نتیجه چیست؟ نتیجه این است که امروز سطح تفکّرات و معرفت فلسفی ما در جامعه و بین علمای دین محدود است. با بودنِ استادی مثل آقای طباطبایی، جا داشت امروز تعداد زیادی استاد درجه‌ یک از تلامذه‌ ایشان در قم و دیگر شهرستان‌ها داشته باشیم. آقای طباطبایی فرد فعّالی بود. بنابراین جریان فلسفی‌ای که به وسیله‌ ایشان پایه‌گذاری شد، باید به شکل وسیعی گسترش پیدا می‌کرد، که نکرده است.

بیانات رهبر معظم انقلاب در دیدار جمعی از نخبگان حوزوی (۱۳۸۲/۱۰/۲۹)

مشهد یک روزی در کشور ما کانون حکمت بوده است یعنی حکمای بزرگی در این شهر حضور داشتند مثل مرحوم آقا بزرگ حکیم، پسرش آقا میرزا مهدی حکیم… خب، دقت نکردند، توجه نکردند، یکباره از بین رفت؛ مشهد تبدیل شد به یک مرکز ضد حکمت. یعنی توجه نکنید، اینجوری می‌شود.
به نظر من هنر بزرگ مرحوم علامه‌ طباطبائی رضوان‌الله‌تعالی‌علیه این بود که پافشاری کرد و کار خود را در شرائط مختلف ادامه داد. حتّی طبق آن نقل‌هائی که ما شنیدیم – گرچه آن وقت هم بنده به ذهنم بود، منتها دقیق یادم نیست – هنگامی که ایشان “اسفار” را تعطیل کردند، همان جا در همان مسجد سلماسی “شفاء” را شروع کردند. خب، این یعنی استقامت. پس کار اول شما این است.

بیانات در دیدار اعضای مجمع عالی حکمت اسلامی (۱۳۹۱/۱۱/۲۳)

کسی مثل مرحوم علامه‌ طباطبایی رضوان‌الله‌تعالی‌علیه در حوزه‌ علمیه‌ قم پیدا شد؛ ایشان، هم فقیه بود و هم اصولی، هم می‌توانست درس خارج فقه مفصلی بدهد، هم می‌توانست درس خارج اصول مفصلی ترتیب دهد و فضلا را جمع کند اما او به کاری پرداخت که آن روز آن را لازم می‌دانست. بعد هم حوادث و وقایع شهادت داد بر این‌که این‌ها لازم است. او گفت من می‌بینم که دارند تفکرات و فلسفه‌ کاذب مارکسیستی را در ذهن‌ها جا می‌دهند، نمی‌شود با توضیح‌المسائل این‌ها را پاسخ دهیم. توضیح‌المسائل جای خودش را دارد، جواب این شبهه‌ها را با چیز دیگری باید داد. ایشان “اصول فلسفه و روش رئالیسم” را نوشت.

بیانات در دیدار جمعی از روحانیون استان همدان‌ (۱۳۸۳/۰۴/۱۵)

شاید برادران به این نکته توجه داشته باشند، آنچه که الآن متفکران ایرانی در باب مسائل اسلامی بحث کرده‌اند معارف کلی اسلامی، مثل تفکرات مرحوم شهید مطهری به مراتب عمیق‌تر و قوی‌تر است از آنچه که متفکران روشن‌فکر معروف دنیا، از اخوان‌المسلمین، سیّد قطب، رشید رضا، عبده و دیگران مطرح کرده‌اند.
تفکرات مرحوم طباطبایی و مرحوم مطهری، این متفکران شیعه در زمینه‌های اجتماعی و مباحث عمومی اسلام، عمیق‌تر از همه است؛ مباحث تخصصی، مثل فقه و عرفان و فلسفه و این‌ها که جای خود دارد.
نباید این‌گونه باشد که ما در باب مسائل شیعه، ناگهان بحثی را ارایه کنیم که بحث سبک و کم‌مایه و رقیقی باشد، بحث خیلی عمیقی نباشد. این کار ممکن است به جای جذب، موجب دفع بشود.

بیانات در دیدار اعضای ستاد برگزاری کنفرانس جهانی اهل‌بیت(علیهم‌السلام) (۱۳۶۹/۰۱/۲۶)