دوران کودکی
علامه سید محمد حسین طباطبایی در سال ۱۲۸۲ هجری شمسی از خانواده‌ای فرهیخته و دانشمند در تبریز متولد شد و در ایام کودکی نزد ادیبی لایق به نام شیخ محمد علی سرائی مشغول به یادگیری قرآن کریم، نصاب الصبیان، گلستان و بوستان سعدی، اخلاق ناصری و انوار سهیلی شد. همچنین فنون خوشنویسی را زیر نظر میرزا علی نقی خطاط فرا گرفت.

ورود به حوزه علمیه
علامه طباطبایی‌ پس از یادگیری علوم ابتدایی، در ۱۵سالگی وارد مدرسه طالبیه تبریز شد و در ظرف هفت سال متون درسی و متداول حوزه علمیه را به پایان رساند و به منظور تکمیل علوم دینی به همراه برادر خود، سید محمد حسن الهی طباطبایی به نجف اشرف رهسپار شد.

مهاجرت به نجف اشرف
علامه طباطبایی پس از ورود به نجف اشرف در درس سید حسین بادکوبه‌ای و سیدعلی آقای قاضی که از اساتید بنام در فلسفه و عرفان بودند، حاضر شد و از محضر آنان بهره برد.
این حکیم الهی دروس فقه و اصول را نزد میرزای نائینی و شیخ محمد حسین کمپانی اصفهانی فرا گرفت.
همچنین علوم ریاضی را نزد آقا سید ابوالقاسم خوانساری که از ریاضی‌دانان مشهور آن زمان بود.

بازگشت علامه طباطبایی به تبریز
علامه طباطبایی علت بازگشت خود از حوزه علمیه نجف به تبریز را چنین نقل می کند: «در سال ۱۳۱۴ه ش، به دلیل مشکلات معیشتی، به زادگاه اصلی خود تبریز برگشتم و ده سال در آن سامان به‌سر بردم که حقاً باید این دوره را در زندگی خود دوره خسارت روحی بشمارم، زیرا بر اثر گرفتاری ضروری به تامین معاش که از راه فلاحت و زراعت بود از تدریس و تفکر باز مانده بودم.»

مهاجرت به قم
ایشان در سال ۱۳۲۵هـ ش، پس از سامان دهی نسبی به امور معاش خویش، از تبریز روی برتافت و راهی قم شد و خدمات فراوانی در تفسیر قرآن کریم، فلسفه، عرفان و… انجام داد و آثار ارزشمندی چون تفسیر المیزان، تعلیقات بر حکمه متعالیه ملاصدرا، بدایه الحکمه و نهایه الحکمه و اصول فلسفه و روش رئالیسم به‌جا گذاشت.

شاگردان
این حکیم متألّه شاگردانی ممتاز در علوم و فنون مختلف تربیت کرد که علامه حسن حسن زاده آملی و آیت الله جوادی آملی و آیت الله سعادت پرور و شهیدان مطهری و بهشتی نمونه ای از آنان می‌باشند.

پایان عمر شریف
حالات علامه در اواخر عمر شریف‌شان عجیب بوده است و پیوسته در حال تفکر و مراقبه بوده اند.
این فیلسوف متألّه در صبح یکشنبه هجدهم محرم الحرام مصادف با ۲۴ آبان ۱۳۶۰ به سرای ابدی شتافت.